เหตุผลในการประกาศใช้พระราชบัญญัติฉบับนี้ คือ โดยที่พระราชบัญญัติการสาธารณสุข พ.ศ. ๒๕๓๕ กำหนดบทนิยามคำว่า “มูลฝอย” ยังไม่ชัดเจน ซึ่งทำให้อำนาจของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการจัดการสิ่งปฏิกูลและมูลฝอยมีความซ้ำซ้อนกัน บทนิยามในเรื่อง “ราชการส่วนท้องถิ่น” และ “เจ้าพนักงานท้องถิ่น” ไม่สอดคล้องกับกฎหมายที่เปลี่ยนแปลงไป รวมทั้งผลจากการปฏิรูประบบราชการเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๕ ได้เปลี่ยนแปลงหน่วยงานกำกับดูแลราชการส่วนท้องถิ่น และยังมีหน่วยงานอื่นที่ทำหน้าที่สนับสนุนและเกี่ยวข้องกับการดำเนินการในเรื่องการจัดการสิ่งปฏิกูลและมูลฝอย จึงต้องปรับองค์ประกอบในคณะกรรมการสาธารณสุข นอกจากนี้การดำเนินงานเรื่องการกำจัดสิ่งปฏิกูลและมูลฝอยไม่ได้ให้อำนาจแก่ราชการส่วนท้องถิ่นในการกำหนดอัตราค่าธรรมเนียมและกำหนดวิธีการในเรื่องดังกล่าวประกอบกับมิได้มีบทกำหนดโทษในเรื่องมูลฝอยติดเชื้อและมูลฝอยที่เป็นพิษหรืออันตรายจากชุมชนไว้รวมถึงสมควรกำหนดให้อำนาจรัฐมนตรีโดยคำแนะนำของคณะกรรมการสาธารณสุขออกประกาศเรื่องที่เป็นรายละเอียดทางเทคนิควิชาการหรือเรื่องที่ต้องมีการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วตามสภาพสังคม เพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้ จึงจำเป็นต้องตราพระราชบัญญัตินี้